Frida fue la tercera hija de Guillermo Kahlo (Wilhelm Kahlo), fotógrafo de origen judío-húngaro con su segunda esposa, la mexicana Matilde Calderón, de ascendencia española. Sus dos hermanas mayores fueron Matilde y Adriana; después de ellas nació el único hijo varón de la familia, el cual sobrevivió apenas unos días. Cuando Frida tenía apenas once meses, en junio de 1908 nace su hermana menor, Cristina, su constante compañera y la única de las hermanas Kahlo en dejar descendencia. Además de ellas, Frida tuvo tres medias hermanas mayores: Luisa, la mayor, una segunda hermana fallecida al momento de nacer y Margarita, todas nacidas del primer matrimonio de su padre con María Cardeña (llamada también Cerdeña en algunas fuentes), fallecida en el parto de Margarita en 1898.